La pollution par les microbes contenus dans la matière fécale cause des préoccupations dans les zones côtières. Elle provient notamment de rejets d’eaux usées traitées et non traitées à terre ou des navires et d’excréments d’animaux (par exemple d’animaux sauvages et de ferme dans les bassins hydrographiques côtiers), de rejets d’eaux pluviales et autres sources diffuses. Les baigneurs, les animaux domestiques et les sédiments marins contaminés y contribuent également. L’impact dépend de la météorologie, de la turbidité et de l’hydrodynamique.
Les bactéries et les virus transportés par l’homme et les animaux peuvent affecter la qualité de l’eau et les organismes marins. Leur accumulation dans les coquillages cause de graves préoccupations. La gastroentérite et l’hépatite A sont les plus importantes maladies microbiennes transmises à l’homme par les coquillages. L’eau contaminée peut également transmettre des maladies aux baigneurs. Au cours des quinze dernières années, la qualité des eaux de baignade s’est améliorée de manière significative dans la plupart des pays OSPAR à la suite de la conformité croissante aux exigences de l’UE. En 2006, environ 5% des eaux de baignade européennes ne possédaient pas le niveau obligatoire de qualité microbiologique, dans certains cas, malgré le traitement des eaux usées. Ceci montre que la pollution diffuse est un problème difficile à gérer.
Une évaluation d’ensemble des tendances de la qualité de l’eau dans les zones d’élevage de coquillages est impossible car les informations correspondantes sont limitées mais des exemples indiquent une amélioration suite au meilleur traitement des eaux usées urbaines. Récemment, des maladies épidémiques ont été détectées dans des coquillages conformes aux normes bactériologiques. Ceci peut s’expliquer par le fait que les indicateurs existants ne permettent pas de détecter les virus correctement.
Encadré 9.7 Amélioration de la qualité des zones conchylicoles dans l’estuaire de Morlaix
La baie de Morlaix est une importante zone d’élevage de coquillages du nord de la Bretagne (France), produisant chaque année 5000 tonnes d’huîtres provenant de 100 fermes d’exploitations de cultures marines. La contamination microbiologique affecte la partie méridionale de cette zone. Au début des années 1990, la mauvaise qualité de l’eau a entraîné un risque de fermeture de parcs. Des études de modélisation ont clairement identifié l’usine de traitement des eaux urbaines résiduaires de Morlaix comme étant l’une des principales sources de pollution. Depuis lors, le traitement des eaux s’est progressivement amélioré. Une usine modernisée de traitement des eaux a commencé à fonctionner en 1996. La baisse des niveaux de matière en suspension a entraîné une diminution du nombre de cas de E. coli à l’embouchure de deux ordres de grandeur et la contamination microbiologique a diminué encore plus depuis 1996. La qualité des zones conchylicoles s’est améliorée de manière significative. Elles sont classées dans la catégorie A (la plus haute qualité) dans le cadre de la Directive sur les eaux conchylicoles de l’UE, depuis 1999, et permettent une ostréiculture durable dans la baie.
Depuis le QSR 2000, la législation européenne a été renforcée pour pouvoir traiter les risques sanitaires pour l’homme. Ceci a été réalisé en déterminant des normes de qualité pour les eaux de baignade (Directive sur les eaux de baignade) et les zones conchylicoles (Directive sur les eaux conchylicoles), ainsi qu’en exigeant un meilleur traitement des eaux urbaines résiduaires. La Directive cadre sur l’eau et la Directive cadre Stratégie pour le milieu marin ont également conduit à une meilleure qualité de l’eau.
OSPAR devra promouvoir des actions internationales, afin d’améliorer la détection des pathogènes dans l’eau de mer et les produits de la mer et l’évaluation des risques correspondants, en étendant la surveillance, la modélisation et le développement d’outils moléculaires appropriés. Les pays OSPAR devraient déterminer et quantifier pleinement les sources de pollution microbienne. Ils devraient réduire encore plus les apports de matière fécale dans les eaux côtières, grâce par exemple à une meilleure collecte et à un meilleur traitement des eaux usées et de meilleures pratiques dans l’utilisation agricole des eaux usées et du fumier. Ils devraient également mettre en œuvre des systèmes d’alerte précoce basés sur les toutes dernières normes technologiques.